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Carrière

Depuis 2017 – Chargé de recherche INRAE, Reims (UMR FARE)

2014-2017 – Chercheur postdoctoral, Sainsbury Laboratory, University of Cambridge, UK.

 2012-2014 – Jeune Scientifique, École Normale Supérieure (ENS) Lyon, France & Sainsbury  Laboratory, University of Cambridge, UK. 

Formation

2008-2012 – Doctorat en informatique, Université de Montpellier 2, Modélisation multi-échelle des perturbations de phyllotaxie d’Arabidopsis thaliana, sous la direction de Christophe Godin, Etienne Farcot (INRIA) et Jan Traas (ENS Lyon)

 2007-2008 – Master 2 recherche d’informatique,  Modélisation par le logiciel, Université de Lorraine, Metz.

Domaines de compétences

 Modélisation multi-échelles des processus biologiques, traitement d'image 4D (3D + temps) - techniques numériques

Recherches actuelles

 J’utilise une combinaison de la modélisation 4D (espace + temps) multi-échelles et de traitement d’image 4D (espace + temps) à fin d’améliorer notre compréhension de la déconstruction de la biomasse lignocellulosique.

Publications principales

Fal K., Liu M., Duisembekova A., Refahi Y., Haswell E., Hamant O. (2017). Phyllotactic regularity requires the Paf1 complex in Arabidopsis, doi: 10.1242/dev.154369, Development.

Meyer H.M.*, Teles J.*, Jordan-Formosa P.*, Refahi Y., San-Bento R., Ingram G., Jönsson H., Locke J., Roeder A.H.K. (2017). Fluctuations of the transcription factor ATML1 generate the pattern of giant cells in the Arabidopsis sepal. eLife, 6, e19131 (*joint first author).

Willis L.*, Refahi Y.*, Wightman R., Landrein B., Teles J., Huang K.C., Meyerowitz E., Jönsson H. (2016). Cell size and growth regulation in the Arabidopsis thaliana apical stem cell niche. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences), 113(51), E8238-E8246. (*joint first author).

Recommended by Kay Schneitz, member of Faculty of 1000.

Refahi Y., Brunoud G., Farcot E., Jean-Marie A., Pulkkinen M., Vernoux T., Godin C. (2016). Stochastic Multicellular Model Identies Biological Watermarks from Disorders in Self-organized Patterns of Phyllotaxis. eLife, 5, e14093.

Highlighted in Labtimes (05/2016), CNRS- France, national website - ENS Lyon, France, website.

Michelin G., Refahi Y., Wightman R., Jönsson H., Traas J., Godin G., Malandain G. (2016). Spatio-temporal registration of 3D microscopy image sequences of Arabidopsis oral meristem. ISBI-IEEE 13th International Symposium on Biomedical Imaging, pp. 1127-1130.

Gruel J. Landrein B., Tarr P., Schuster C., Refahi, Y., Sampathkumar A., Hamant O., Meyerowitz E.,Jönsson H. (2016). An epidermis-driven mechanism positions and scales stem cell niches in plants. Science Advances, 2(1), e1500989.

Besnard, F., Refahi, Y., Morin, V., Marteaux, B., Brunoud, G., Chambrier, P., ... & Vernoux, T. (2014). Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis, Nature, 505 :7483 :417-421.

Landrein B., Refahi Y., Besnard F., Hervieux N., Mirabet V., Vernoux T., Boudaoud A., Hamant O. (2014). Meristem size contributes to the robustness of phyllotaxis in Arabidopsis. Journal of Experimental Botany, eru482.

Guédon Y. Refahi Y., Besnard F., Farcot E., Godin C., Vernoux T. (2013). Pattern identification and characterization reveal permutations of organs as a key genetically controlled property of post-meristematic phyllotaxis. Journal of Theoretical Biology, 338 :94-110.

Refahi Y., Farcot E., Guédon Y., Besnard F., Vernoux T., Godin C. (2011). A Combinatorial model of phyllotaxis perturbations in Arabidopsis thaliana. Combinatorial Pattern Matching, Springer, Berlin Heidelberg, 6661/2011 :323-335.

Refahi Y., Guédon Y., Besnard F., Farcot E., Godin C., Vernoux T. (2010). Analyzing perturbations in phyllotaxis of Arabidopsis thaliana. FSPM, Functional-Structural Plant Models, pp. 185-187.

Enseignements

Plus de 100 heures d'enseignement à l'Université de Montpellier 2 en France et à l'Université de Cambridge au Royaume-Uni.